Geneza powstania Wyspy Sobieszewskiej nieodłącznie związana jest z Wisłą, a głównie z procesami zachodzącymi w jej delcie. Dynamiczna działalność samej rzeki, z drugiej strony zmiany brzegowe spowodowane pracą morza, doprowadziły do utworzenia się pasa mierzei. W tym pasie znalazł się obszar dzisiejszej Wyspy, jeszcze przed ukształtowaniem.
Do powstania Wyspy Sobieszewskiej doprowadziła żywiołowa działalność sił przyrody oraz ingerencja człowieka w system hydrograficzny Wisły. Wisła do roku 1840 uchodziła do Zatoki Gdańskiej swoim głównym ujściem w Gdańsku. Jednak ujście to okazało się w pewnym momencie niewystarczającym dla oddania nadmiaru wód morzu. Dlatego w nocy z dnia 31 stycznia na 1 lutego 1840 r. nastąpiła katastrofa. Potężny zator lodowy, jaki utworzył się w miejscowości Płonia, spowodował zablokowanie odpływu wód wiślanych w kierunku Gdańska, które wezbrawszy do niespotykanych rozmiarów runęły w kierunku Bałtyku, przerywając Mierzeję Wiślaną w okolicach Górek Wschodnich. W ten sposób powstało nowe ramię i nowe ujście Wisły, nazwane bardzo trafnie przez Wincentego Pola - Śmiałą Wisłą (na mapce zaznaczona numerem 1). W wyniku tego żywiołu w 1840 r. powstał półwysep, którego zachodnią część stanowił teren obecnej Wyspy Sobieszewskiej.
Do ostatecznego ukształtowania się Wyspy Sobieszewskiej przyczynił się człowiek i jego działalność, mająca ostatecznie rozwiązać problem powodzi na Żuławach. W celu stworzenia lepszych warunków odpływu wód wiślanych i lodów w latach 1889-1895 przekopano na prostym przedłużeniu Wisły Leniwki kanał o długości 7,1 km. Kanał ten, zwany Przekopem Wisły (na mapce zaznaczony numerem 2), zbudowany został między Świbnem a Mikoszewem. Jego uroczystego otwarcia dokonano 31 marca 1895 r. o godz. 15.45, z osobistego polecenia cesarza Wilhelma II (zabór pruski). W ten sposób Wisła otrzymała nowe, główne ujście do morza, natomiast zachodnia część półwyspu z 1840 r. stała się w 1895 roku wyspą, nazwaną później Sobieszewską.
Za datę powstania Wyspy Sobieszewskiej przyjmuje się zatem 31 marca 1895 roku. To wtedy fragment mierzei, położonej na wschód od Gdańska, został bezpowrotnie oddzielony od jej pozostałej części, która dziś nazywana jest Mierzeją Wiślaną.